Ciao,
è sbagliato il secondo for. Puoi fare tutto in uno. Di seguito una possibile soluzione:
public static void main(String[] args) {
Scanner scan = new Scanner(System.in);
System.out.println("Inserisci un numero : ");
int input = scan.nextInt();
if (input != 0) {
System.out.println("Numero di input : " + input);
System.out.print("I primi n numeri naturali sono: ");
int somma = 0;
for (int x = input; x > 0; x--) {
System.out.print(x + ",");
somma = somma + x;
}
System.out.println(" ");
System.out.print("la somma del numero naturale fino a n termini è : " + somma);
}
}